La CNDH es competente para tramitar una queja en los siguientes casos: Cuando las autoridades administrativas de carácter federal, con excepción de los del Poder Judicial de la Federación, cometan actos u omisiones que violen los derechos humanos.
La investigación de una queja tiene como propósito reunir las evidencias que permitan conocer si se cometió o no una violación a los derechos humanos, identificar a la autoridad o persona servidora pública responsable y concretar la normatividad transgredida, para lo cual la CNDH tendrá que allegarse la información necesaria, requiriendo informes, realizando visitas e inspecciones, solicitando testimonios, realizando gestiones, recabando documentos y en su caso auxiliándose de peritajes, para lo cual se le faculta con los siguientes medios (artículo 39 de la Ley de la CNDH).